洪涝灾害发生后，容易发生各种传染病，特别是肠道传染病、虫媒和自然疫源性传染病等，做好防控工作十分重要。
在居所内安装纱门、纱窗、蚊帐等防蚊、蝇设施；推荐使用蚊香、气雾罐、苍蝇拍等家庭灭蚊蝇措施；抗洪值守人员应配备防蚊帽、穿长袖衣裤，裸露部位可喷涂驱避剂。应使用高效、安全的抗凝血杀鼠剂灭鼠；灭鼠后及时搜寻死鼠，集中深埋或焚烧；水灾鼠类死亡或迁徙时，体表寄生虫脱离或逃逸，灭鼠时，应在居民安置点喷洒杀虫剂，消灭离开鼠体的游离蚤等寄生虫，做好鼠虫并灭。蚊蝇鼠等病媒生物异常增多时需及时报告当地政府部门。
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