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建寺年代虽已不可考，但史书上有明确记载的时后秦时以有“十万流沙来振锡，三千弟子共译经”的规模。 这里是高僧鸠摩罗什（中国佛教四大翻译家之一）当年翻译佛经的地方，因该译经场地乃简陋茅屋，故名草堂寺。寺内鸠摩罗什舍利塔地座高为2.33米，八面十二层，用西域八种颜色不同的玉石雕刻镶拼而成，称“八宝玉塔”。 寺内有一古井，常有烟雾溢升，成为长安八景之一的“草堂烟雾”。草堂寺被视为中国佛教三论宗和成实宗的祖庭。日本佛教日莲宗僧众笃信鸠摩罗什所译《妙法莲花经》，1982年曾组团在草堂寺举行过盛大法会。